Az Assassin’s Creed Black Flag Resynced parkourja és harcrendszere teljesen új alapokra épült a legújabb Anvil engine technológiával, és Edward James Kenway mozgása mostantól még dinamikusabbá vált a Caribbean világában, miközben a fejlesztők a klasszikus alapokat őrizték meg a modern játékélmény érdekében.
A responszív mozgást tartották meg az eredetiből, de snappier és deliberatebbé tették, így a havanai háztetőkön, a vad dzsungelekben vagy a nassau-i állványzatokon a parkour folyékonyabbá és választásközpontúbbá vált, miközben a landolási animációk gyorsabb felépülést biztosítanak és a fal futás utáni mantling rövid sebességboostot ad a lendület fenntartásához, valamint a roll a földet érés után segít a sprintelés folytatásában.
Az Advanced Parkour opciók visszatértek a modern Anvil engine frissítéseivel, lehetővé téve oldalsó és hátsó ejecteket szinte bármilyen magasságból, valamint a manuális ugrás közvetlenebb irányítást kínál a sebesség növeléséhez és a rövidítésekhez, miközben a zipline-ok új elemekként kötik össze a magas és alacsony terepeket a városokban.
A Stealth részben az Observe funkcióval bővült az Eagle Vision, amely segít a célok és ellenségek felderítésében, és Edward bármikor guggolhat, ami különösen éjszaka csökkenti a láthatóságot a bokrokban vagy a tetőkön, miközben a Blowpipe Berserk és Sleep Dartokkal, a Smoke Bomb és a Rope Dart korai megszerzésével erősödik a lopakodás a Caribbean kalandokban.
A társadalmi lopakodás is finomodott, a tailing és eavesdropping misszióknál a deszinkronizálás megszűnt a távolság miatt, a táncosok toborzása és a tömegbe olvadás három vagy több civil között továbbra is elérhető, és a pénz dobása kaotikus elterelést biztosít tíz Reales költséggel a városi utcákon.
A Combat rendszerben a takedownok állnak a középpontban, amelyek Hidden Blade-dal, tökéletes parryvel, falra rúgással vagy földön fekvő ellenségen keresztül indíthatók, és a Dodge Attack valamint a Heavy Attack új lehetőségeket adnak, miközben az adaptív ellenségek reagálnak az ismétlődő mintákra, így a Brute, Captain és Demolitionist típusok ellen Rope Dart, pisztoly és Gun Kata kombinációra van szükség a sikeres túléléshez.